Тогда:
В мире произошла некая экологическая катастрофа. Возможно, ядерная [обсуждается]. Или же люди просто окончательно засорили планету.
В небе скапливаются отходы заводов и автомобилей, голубого чистого неба никто не видел уже давно, теперь на Земле всегда темно и солнечные лучи просто не проникают сквозь темные облака химических отходов, часто идут кислотные дожди. Богатые мира сего начинают строить города на возвышенностях. Выше химических облаков, на укрепленном фундаменте.
Разумеется, люди не приспособлены жить так высоко, у многих возникают проблемы со здоровьем. По итогу ряды человечества сильно поредели. [ОБСУЖДАЕТСЯ: Возможно, если мы остановимся на ядерной катастрофе, то будет добавлена территория Пустоши, где наиболее высокий фон радиации и жить там невозможно]. Так или иначе, люди сгруппировались в конгломераты - остатки городов. В центре - так называемый Небесный город, ближе к нему среднестатистические жители, а на окраинах - трущобы. В итоге женщины и дети, как физически более слабые, начали умирать - от голода и болезней. Даже в небесном городе первое поколение выживало с трудом. Тогда начали финансировать проект по изменению генома. Его и так разрабатывали давно, на животных, понимая, к чему все идет, а теперь начались эксперименты над людьми. Так появились альфы и омеги. Впрочем, остальных людей назвали бетами независимо от того, не проявился у них этот ген или просто его не было изначально.
В центре проблемы - новый город (их в мире будет несколько, но мы сосредоточимся на одном), эксперименты над людьми, отлов людей из трущоб, попытки побега.

Сейчас:
Проходит энное количество лет. Предположительно около 300-400. Альфы и омеги теперь часть общества. Так уж вышло, что альфы, в силу своих особенностей, быстрее и легче добиваются всего и в итоге многие из них теперь живут в Небесном городе. Омеги, напротив, особенно часто попадаются в трущобах. Часть смогла сбежать и спрятаться там, других попросту выбросили из-за "несоответствия требований". Идеальные омеги красивы, покорны и плодовиты, если что-то из этого не соблюдено, омега бракована и от нее избавляются.
В трущобах же зарождается движение восстания. Не всем нравится отсиживаться внизу, голодать, оставаться отбросами без шансов на улучшение жизни. У этих людей нет возможности добиваться чего-то свои трудом (а у людей из трущоб такой возможности действительно нет, небесный город нельзя расширить и место там ограничено, они не торопятся открывать свои двери для всех). К тому же продолжаются эксперименты на людьми: в первую очередь над омегами, это уже даже не эксперименты, а буквально селекция. На второй линии - попытки усилить геном человека так, чтоб продлить жизнь, улучшить сопротивляемость внешним факторам.
Не спит и мафия. Торговля людьми из трущоб близка к официальному разрешению, в Небесном городе есть невольничьи рынки. Там продают как бет, так и омег. Альф - крайне редко, их просто довольно сложно поймать. В трущобах же мафия распространяет особый наркотик, отчасти благодаря ему люди и сами сдаются в рабство. Иными словами, мафия процветает.
Таким образом, сейчас основные действующие группы: элита, ученые, мафия, жители трущоб и повстанцы.

P.S.: Я сильно вдохновлялся Ai no Kusabi в плане устройства мира, можно было бы даже сказать, что игра по мотивам, если бы не было омегаверса, а так это скорее сборник по мотивам многих работ, так что если заметите схожесть, то так и задумано.